晒晒大家用过的好的或者认为很重要的有关序列拼接、进化树构建、基因预测、蛋白质结构预测、序列比对软件

过几天考研,生物信息,软件50分,大家帮帮忙,谢了
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zhiwen - NGS服务——www.pubbiotech.com

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序列拼接:基于二代测序短reads数据的有SOAPDenovo,Allpath-LG,Velvet,ABYSS;基于一代测序或二代测序长reads的有:Phrep,CAP3,MIRA,Newbler;转录组数据组装的有Trinity;
进化树构建:MrBayes,Phylip,MEGA5,treebest,Phyml;
基因预测:从头预测的 GeneScan,GlimmerHMM,August ;基于同源性预测的Genewize,
蛋白质结构预测:没研究过
序列比对软件:两两比对blast,blat,mummer,多序列比对clusterw,muscle,二代测序中的短reads比对:bwa,bowtie,soap等等
希望有帮助。

gaox

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序列拼接:CAP3、DNAman、sequence
进化树构建:MEGA、treeview
基因预测跟蛋白预测还是去NCBI上吧,序列比对的话有Blast、clustalx

liaopeng88 - 生物信息学爱好者

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有谁用过3D-PSSM做蛋白质结构预测

jingyayeah

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没有用过,用过Discovery Studio

polangxin

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进化树再加个RAXML

polangxin

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多序列比对在家个T-coffee

shopping220

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进化树构建强烈推荐CVTree,原核生物分类据说没有一例是错误的,目前CVTree的库里添加了真菌的信息也可以做真菌的进化分析;
构建的进化树准确好看,还操作非常方便,强烈推荐!

CandyTon - Wonderful days in the lab.

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我们实验室最近也在找相关的,有的师兄说美国Creative Biolabs[基因测序](http://www.creative-biolabs.co ... g.html)服务不错,你们觉得呢?

xianyuanshan

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多序列比对再加个MAFFT

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