PAML计算两条同源序列的dN/dS值

用PAML中的codeml计算两条同源序列的dN/dS值,runmode除了使用pairwise,可否使用use tree,因为后者在NSsites中可以选择0:one w;1:neutral;2:selection多个模式,进而可以进行LRT检验,检测正选择信号,而pairwise仅可以选择0:one w,无法做LRT检验。请高手赐教,不胜感激!
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yhu0309 - 生物信息学菜鸟

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为什么不用KaKsCalculator软件来做呢

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