参考基因组问题

请问参考基因组中的正负链是怎么区分的?例如给定一个位置怎么判断是在正链上还是在负链上?
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同一条序列,肯定是同一条链的。不同的序列,有可能来自同一条链,也可能不是。这个就看组装的时候是怎样的。正负链是一个比较主观的概念,因为任意一条DNA序列都有两种表示方式。当有多条序列的时候,可以看是否属于同一条链。

suxiaoxing - 做完美的自己

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我们一般认为参考基因组的序列就是正链。现在的比对软件等在运行的时候会考虑到参考序列的互补链的。如果有现成的gff文件,软件在运行时就能准确判断正负链区域了

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