测得一个物种的基因组数据,是如何将scafford拼成染色体的

基因组reads,用trinity或者soap组装好scafford,而后怎样得到一条条染色体的
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MagicBio

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如果有reference的话,直接把组装好的scaffold比回参考序列上,定位scaffold的位置及方向,就可以连成染色体。 没有reference,就需要遗传图谱或者物理图谱了,把这些已知的遗传标记和scaffolds进行比对,就能够定位scaffold的顺序以及方向,然后连成染色体。

James - wu

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我是用soapdenovo拼接的,结果有很多scafford,但是按你说的直接把组装好的scaffold比回参考序列上,我有一点不明白这位置跟方向怎么确定,还有比如说有条scafford实际上是在染色体1上面的,但是比对的时候却跑到染色体2上面,会不会有这样的情况呢

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