RNA_seq方法测序得到的是基因组序列还是RNA序列?

RNA_seq测序出来的数据,拼接出来的是基因组序列还是RNA序列?如果是RNA序列,怎样获得DNA,也就是基因组序列?还有一个问题,怎样利用RNA或者基因组序列去寻找non coding RNA或者MicroRNA,方法?谢谢!!!!
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suxiaoxing - 做完美的自己

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RNA-Seq测序出来的是cDNA序列,也就是将可编码序列连接在一起的序列。cDNA序列不就是由mRNA直接逆转录出来的么。而基因组序列,只能通过重测序,或者DNA测序才能得到。

BGI_wangtong - http://weibo.com/478082320

赞同来自: shasha85

首先要了解RNA-seq的建库策略,其实是有一个对mRNA发转录的过程,也就是测出来的是cDNA。这些数据中绝大部分应该是mRNA,还有一部分是rRNA与tRNA。一些non coding RNA是不容易找的,因为建库前有个去除过程,另外一些小RNA需要使用特殊的富集方式。不过可以使用这些数据与已知的ncRNAme库进行比对,看是否有测到。

aishu - So~

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如果是已有参考基因组的,重新组装吧,对比一下就知道哪些是新的转录本,再把新的转录本注释到nr数据库,注释不上的可能就是ncRNA。。。然后可以再注释到ncRNA相关的数据库~

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