solid测序数据映射问题

为什么ncbi下载的sra格式的solid测序数据在转换成fastq格式后不能进行直接比对(mapping)?
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估计是fastq格式的问题,比对之前你可以检查看看

agonyr - QQ群 424014618

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使用sratoolkit的abi-dump提取solid原始格式,生成csfasta和quality两个文件,如果使用bwa比对的话,接下来需要将两个文件合并为fastq,因为采用的是sanger质量体系,所以bwa比对参数不能有 -l 否则乱码.

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