两个基因组中的同源基因寻找

大家好!我想找到两个原核生物的基因组中的同源基因(大肠杆菌K12和胡萝卜软腐欧文氏菌的),应该使用什么软件呢?

ps:我是做实验的,不会linux,所以大家尽量推荐上手快的,最好是windows或者提供网页服务的那种。

谢谢啦!
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ybzhao

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看看http://roundup.hms.harvard.edu/这个里面有没有没,如果没有找找其他的直系同源基因数据库。实在没有的话,那就自己做blast吧

ReiGao

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可以直接用这个软件 Inparanoid (地址你google一下)用法很简单 :
perl inparanoid A物种蛋白质文件 B物种蛋白质文件

kinase

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我看到里面有个RSD的方法,这个方法说是采用最大似然法和全局比对的方法来推断两个基因组之间的进化距离,是不是就是找同源基因的意思呢?

Hadron74

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@kinase:我不能确定,但个人认为真核与原核的差别应该主要在核酸,对蛋白质的差别应不是太大。inparanoid应该可以用吧。

Chloe

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NCBI 好像可以吧,你可以看看!这个[实验](http://www.creative-peptides.c ... 69.htm)做起来会不会很复杂?

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