表达谱芯片

芯片数据是每个探针对应的信号值,如果要筛选差异基因,是不是要把探针对应到基因来分析?但是有可能几个探针对应同一个基因,但是这几个探针的上下调情况不一样,那么怎么确定其所对应的基因是上调还是下调呢?
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hailang2013

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先把探针对应的信号值标准化,然后去掉一个探针对应多个基因的探针,再将多个探针对应一个基因的探针取其平均值(或者取最大值),然后再筛选差异基因

agonyr - QQ群 424014618

赞同来自: cerostar simg

楼上正解。
先把这些对应一个基因的探针的值取均值赋给这个基因 每个基因就仅有一个表达值了。
然后在用limma包 或者SAM方法等来获取差异表达基因

simg - 兼职全外显子测序个性分析

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由于芯片探针具有probe effect,所以即使是一个基因外显子上的两个探针表达也是不一样的,软件会自动summary这个基因的表达,如果你想查看每个探针的信号值(特别是验证,引物设计的时候),那就要自己分析了,推荐R语言。

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