新手请教:请问有人处理过clip seq的数据么?一般拿到了raw data怎么处理呢?

各位高手在此施礼啦!!
本人新手处理一些clip seq数据,想要研究某个蛋白的RNA binding site:reads长度在20~100bp之间,束手无策……
不知道有没有成熟的处理流程?
初步打算先用tophat做一个mapping,不知道要不要做,reads的长短不一,mapping会报错
然后meme 找出相似的motif;
不知道还能做些什么……………………
请教一下各位高手!!!!
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xj7757417772

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您好,
 
请问您的问题解决了吗?从CLIP-seq的数据怎么得知binding site呢?
 

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