如果对比对出来的sam文件进行基因信息的注释


QQ图片20141127225648.jpg

大家好!
我是做3‘end的,bowtie比对出来的sam文件只有chr,coord信息,没有基因ID和reads落在3’utr还是intron等区域的信息,如何把sam文件和基因组的注释文件关联起来。最后得到如下一个内容的文件:
chr + coord. geneID 3'utr rep1_reads re

p2_reads rep3_reads .........
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lucifer_whb

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下载对应物种含utr信息的gff文件,然后用bedtools取交集

agonyr - QQ群 424014618

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用picard

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