从宏基因组中拼细菌基因组

请问有经验的专家。我想从单个昆虫的宏基因组中去拼几个共生细菌的基因组,测序用的是illumina Hiseq2000,PE library,一共66G数据。一开始对宏基因组的de novo 拼装应该选哪个软件比较好。我看到有的软件是针对小基因组微生物short reads合适,但是我的测序数据中大部分是昆虫的reads,所以比较迷惑到底应该选哪个?能不能稍微解释一下原因?谢谢了!
已邀请:

fanyucai1

赞同来自:

你先用比对软件例如bowtie,比对昆虫基因组序列,然后输出没有比对上的结果。然后将没有比对上的输出结果再做组装,这一步叫去处宿主DNA,另外拼接软件现在有很多宏基因组的拼接可以使用metavelvet或者华大的soap。

jinhwang

赞同来自:

谢谢,我现在这个昆虫还没有参考序列,我用的mira从头拼装然后去比对NCBI的细菌数据库。。

fenghen360

赞同来自:

metagenome binning很多经典的方法,google

lihongyi - 微生物生态 生物信息学分析

赞同来自:

metabat
 

要回复问题请先登录注册