关于miRNA和Rfam比对和mirdeep预测的novel miRNA差异性表达

大家好,我正在做miRNA分析,有一些问题希望有人能帮忙解答一下,非常非常感谢
1. 我用bowtie把reads和Rfam比对,注释noncoding RNA,因为Rfam包含很多物种,是和Rfam里的所有物种比对还是只和我们测的物种比对,这样比上的就太少了
2. 我用mirdeep2预测novel miRNA,mirdeep2只能一个样品一个样品的做,我想做样品间的novel miRNA差异性表达,但是mideep2给的novel miRNA名字都不一样,如何做差异性表达?
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xiaotiango

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1.一般是只比你测的物种,如果是一些Rfam里面很少序列的物种,可考虑相近的物种
2. 先把不同的样品的新miRNA序列聚成一类,再做差异

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