在没有参考序列的情况下,怎样把这些contigs组装成为一条scoffold呢

我现在要组装一个病毒的全基因组大概为170kb左右,测序平台是illumina的paired-end数据,用velvet或者soapdenove等软件只能组装到一些contigs,在没有参考序列的情况下,怎样把contigs组装成为一条scoffold呢,求各位指教
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a23164

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求大神指教啊

ybzhao

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这个算是scaffold了,你还可以用用soapdenovo试试,以及sspace.pl好像是这个名字。

fenghen360

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来来来,可以找我给你拼下,我还是很有经验的
Q:360795768

lihongyi - 微生物生态 生物信息学分析

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按照概念,scoffold是对contigs的有序排列,一般用454再测吧;没有参考基因组,感觉不太可能。
 

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