bismark alignment结果的mapping rate如何计算


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我的bismark的alignment结果如图。请问我的mapping rate是多少呢?我的理解是46.1%只是Number of alignments with a unique best hit from the different alignments占全部sequences的比值。如果加上Sequences did not map uniquely的话,就有87.7%了。请问该像后者这样手动算吗?我QC之后直接做的alignment,请问这样可以吗?需要先markduplicates再align吗?谢谢。
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