2017年9月22 转录组数据分析及TCGA数据库挖掘交流

 本次培训班 将成熟的分析方法对学员进行传授,同时配以大量的成功实例进行讲解,让学员们领悟到生物数据分析的精髓。上课专家经验丰富,在生物信息学领域有丰富的工作经验。结合具体案例,一切从实际出发。
    课程力求"有点有面,实用高效",理论授课与上机实践有机结合,使学员既能够学会思考和设计科学实验,也能够独立使用生物信息学基本方法和常用工具,力求学有所用,学有所值。

培训内容:
一、基因组学的进展及应用
DNA测序技术-转录组分析的进化
第一代测序技术:Sanger测序原理
第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理
第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理
第四代测序技术:    Oxford NanoPore原理
其他技术Hybridization based methods (NabSys)
生物信息学基本技能:
基于virtual box的linux虚拟机的安装及使用(实验)
云服务器登陆及文件传输(实验)
常用LINUX命令(实验)
简单shell脚本的编写(实验)

二、高通量测序应用
基因组测序和组装
第二代测序技术应用
ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq)/ARTseq, RIP-Seq, HITS-CLIP,     CLIP-Seq, PAR-CLIP, iCLIP, NET-Seq, TRAP-Seq, CLASH-Seq, PARE-Seq, GMUCT, TIF-Seq, PEAT等方法的原理解析第三代测序的应用植物、动物全基因组测序研究实例

三、转录组分析
Experimental procedure for transcriptomic analysis
Introduction
Number of duplications, Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
    Data analysis (part 1):data pre-processing
evaluation of data quality 数据分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3
Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
    Data analysis (part 2):reference free analyses,无参转录组分析
Gene discovery 
Trinity de novo transcriptome assembly 
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs)
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene         
expression profiles.
Data analysis (part 3):reference based analyses,有参转录组分析
Gene discovery
Mapping reads to the reference (tophat)
Assemble mapped reads (cufflinks)
Merge sample-specific assemblies (cuffmerge)
Analysis of Differentially Expressed Gene (DEGs)
Identify DEGs (cuffdiff)
Explore the results (cummerbund)
    Data analysis (part 4):from gene list to gene function,基因功能注释
File format for annotation information: GFF3
Annotation 
Enrichment analysis using DAVID

四、表观基因组数据
    数据的产生、处理与分析
 ChIP-Seq与DNA甲基化测序
主要分析方法和原理
-数据质量检查和质量控制
-数据前处理
 Peak calling算法介绍
 DNA Accessibility解析
 3D Chromatin Structure解析
     UCSC Genome Browser工具介绍与应用

五、ENCODE项目
    ENCODE项目背景、目标、实验种类介绍
 数据和数据仓库的概况
 工具介绍: ChromHMM, Segway, chromImpute等.
 数据资源: regulomeDB, HaploReg等.
     其他应用与项目如Epigenome Roadmap等

六、TCGA项目及其他
 TCGA项目背景、目标、实验种类介绍
 数据和数据仓库的概况
 临床数据介绍
 SNV, CNV等识别
 多维基因组数据分析
 cBioPortal工具的介绍与应用
     CCLE、CGP项目的介绍与应用


培训特色:
1、讲师拥有丰富的数据分析和软件研发经验。
2、主题明确,针对性强。理论与实践结合,针对专题内容进行深入讲解。
3、精心挑选上机软件,实用性强,方便学员课下独立操作。

培训费用:
    4300元 (培训费、资料费、上机费、考试费等)食宿可统一安排,费用自理。

培训地点:北京
主办单位:中科云畅应用技术研究院 联合 中科院北京基因组研究所重点实验室
培训时间:2017.9.22——9.26  (22号报道,23、24、25、26四天授课)
联 系 人:张爱国
联系电话:13683111214

*想了解培训班的具体情况及详细红头通知文件,可电话联系张爱国老师。
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