基因组reference解压求教

已经下载得到人类reference数据,hg19,里面的chromosome是以染色体为单位压缩的,是.gz格式的。

本人是个Linux文盲级别,死活没解压明白。

我想将chrX.fa.gz文件解压到/home下,求解压命令和参数设置
提醒,tar zxvf chrX.fa.gz -C /home 已经尝试,未果。
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Anastasia

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不是直接 gunzip chrX.fa.gz 吗?

如果是写perl程序读取,可以直接读gz文件,就是在句柄那里加上 :gzip

tanger_009 - 生物信息研究生

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mv chrX.fa.gz /home/chrX.fa.gz
gunzip chrX.fa.gz

tanger_009 - 生物信息研究生

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linux各种文件解压命令

.tar
解包: tar xvf FileName.tar
打包:tar cvf FileName.tar DirName
(注:tar是打包,不是压缩!)
---------------------------------------------
.gz
解压1:gunzip FileName.gz
解压2:gzip -d FileName.gz
压缩:gzip FileName
.tar.gz
解压:tar zxvf FileName.tar.gz
压缩:tar zcvf FileName.tar.gz DirName
---------------------------------------------
.bz2
解压1:bzip2 -d FileName.bz2
解压2:bunzip2 FileName.bz2
压缩: bzip2 -z FileName
压缩: bzip2 FileName
.tar.bz2
解压:tar jxvf FileName.tar.bz2
压缩:tar jcvf FileName.tar.bz2 DirName
bzip2 a.bz2 file1 file2 file3 /etc
把文件file1file2file3及/etc下的内容压缩起来,放入a.bz2文件中。
---------------------------------------------
.bz
解压1:bzip2 -d FileName.bz
解压2:bunzip2 FileName.bz
压缩:未知
.tar.bz
解压:tar jxvf FileName.tar.bz
压缩:未知
---------------------------------------------
.Z
解压:uncompress FileName.Z
压缩:compress FileName
.tar.Z
解压:tar Zxvf FileName.tar.Z
压缩:tar Zcvf FileName.tar.Z DirName
---------------------------------------------
.tgz
解压:tar zxvf FileName.tgz
压缩:未知
.tar.tgz
解压:tar zxvf FileName.tar.tgz
压缩:tar zcvf FileName.tar.tgz FileName
---------------------------------------------
.zip
解压:unzip FileName.zip
压缩:zip FileName.zip DirName
---------------------------------------------
.rar
解压:rar e FileName.rar
压缩:rar a FileName.rar
rar请到:
解压后请将cp rar /usr/bin
---------------------------------------------
.lha
解压:lha -e FileName.lha
压缩:lha -a FileName.lha FileName
lha请到:
>解压后请将lha拷贝到/usr/bin目录(其他由$PATH环境变量指定的目录也可以):
# cp lha /usr/bin/
---------------------------------------------
.rpm
解包:rpm2cpio FileName.rpm | cpio -div
---------------------------------------------
.tar .tgz .tar.gz .tar.Z .tar.bz .tar.bz2 .zip .cpio .rpm .deb .slp .arj .rar .ace .lha .lzh .lzx .lzs .arc .sda .sfx .lnx .zoo .cab .kar .cpt .pit .sit .sea
解压:sEx x FileName.*
压缩:sEx a FileName.* FileName
sEx只是调用相关程序,本身并无压缩、解压功能,请注意!
sEx请到:
解压后请将sEx拷贝到/usr/bin目录(其他由$PATH环境变量指定的目录也可以):

haiyuegaofei - 生物信息菜鸟

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后面还有个路径问题呢,不涉及到编程

jingyayeah

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我下载的nr 库就是.gz的格式,用gunzip解压没有问题啊,你那个文件完整吗

haiyuegaofei - 生物信息菜鸟

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感谢大家的帮助,找到其原因,是因为那个文件夹没有加压的权限,需要先将文件复制到自己的文件夹下进行解压,gunzip就好使。谢谢大家的参与

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