如何注释某个基因的GO,KEGG功能?

有几个基因,怎么去做GO,KEGG功能注释? 在ncbi上的gene2go.gz 文件中没有这个物种的信息啊。。。
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cpdna - RAID

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GO 我接触的最常用的方法是用interproscan网站的iprscan_soaplite.pl提交,结果里包含了go terms;根据这些GO号,然后可以用WEGO网站等画个图。还有很多人用blast2go。
KEGG在线提交速度挺快的,kaas,你搜一下。 (之前我都用的BBH method,你是确定的基因的话,可以试试SBH)。

tianping

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blast2go, kaas

mao44

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可以直接利用DAVID,通过输入你的基因名列表,获得对应的功能注释结果,其中就包括了GO和KEGG

aishu - So~

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谢谢啊\(^o^)/~ 我用DAVID试了一下,有几个基因名DAVID数据库里面米有,so,没法注释~

mao44

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你是什么物种,选择的提交基因名类型是否正确?
有时候并不是没有注释,可能是自己提交的时候没有选择正确数据类型,我也经常遇到报错呢

aishu - So~

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Deinococcus radiodurans 抗辐射细菌。 我提交13个基因,有两个DAVID里面没有。并且发现这个软件给出 的GO注释,kegg注释都不全面。13个基因,就给出了一个基因的kegg注释,其余的都是“—”。但kegg数据库里面明明是有的。你还用过其他 方法没,要能批量操作的。Blast2GO® is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data——blast2go只是用来注释(novel)新的序列?

maize - 规划未来

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请教一下,你做DAVID的时候,
第一步Enter Gene List 一般是输入gene id吗?
如果是参考基因组的编号,如玉米的 GRMZM2G070092,GRMZM2G154093 是这类的编号
第二步选 Select Identifier的时候,应该选哪个呀?
如果没有合适的选的话,如何将这类的编号,批量转换成 gene id呢?
谢谢

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