GO,KEGG基因注释疑问

你好,我用kass做了几个基因的kegg注释,得到几个基因的K number,怎么去根据K number 找到其definition啊,我想ftp上应该有这样的文件,但上了ftp。在线查的话太费劲了(数量多)。。。
还有就是 blast2go ,kass首先都是blast比对,根据序列相似性注释,那么注释出来的结果也有可能是假阳性了?
谢谢!
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cpdna - RAID

赞同来自: aishu

kaas的结果,数量少的话可以从pathway map直接对应,或者你说的在线查;早些时候,kegg的ftp可以随意访问下载,你可以问问周围有没有人下载的;他网站上现在提供了API,可以自己写个脚本,批量的操作,这好像没法放链接,你去搜一下吧。
假阳性的问题我觉得是有的,而且他的参数好像没法改,我也在纠结这个问题。

luck_cc

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KAAS做完之后我只得到了一个hier文件夹(里面全是keg格式的文件,什么意思啊,搞不懂,也知道怎么用),一个map文件夹(里面有很多个代谢图),一个网页上复制得到的ko 列表(是输入的序列名和KO号的对应)。
我想请教下,那个keg文件是什么意思啊,在服务器上打开是类似网页源代码之类的东西。怎么得到某个pathway上的全部基因以及ko编号呢?

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