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精简基因组--RAD--数据分析--stacks

实验交流jstone2015 回复了问题 • 3 人关注 • 2 个回复 • 1490 次浏览 • 2017-05-24 16:32 • 来自相关话题

群里想要写代码的 我代劳 perl python R【免费的,很急的不要找我】

研究动态flzh628 回复了问题 • 5 人关注 • 2 个回复 • 1274 次浏览 • 2016-04-06 20:33 • 来自相关话题

使用GATK对野生型 / 突变体call SNP的问题

实验交流jmagicking 回复了问题 • 3 人关注 • 2 个回复 • 1714 次浏览 • 2015-05-05 19:27 • 来自相关话题

现在有没有在线的工具网站可以用来挑选给定基因的tagSNP?

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实验交流sudawhw 发起了问题 • 1 人关注 • 0 个回复 • 626 次浏览 • 2015-01-20 22:59 • 来自相关话题

SNP纯合与杂合是怎么回事?

研究动态zhiwen 回复了问题 • 3 人关注 • 2 个回复 • 1419 次浏览 • 2014-08-25 18:02 • 来自相关话题

请问:用BWA做SNP时候,出现fail to locate the index,怎么解决?

实验交流snailQH 回复了问题 • 4 人关注 • 3 个回复 • 2136 次浏览 • 2014-08-24 13:31 • 来自相关话题

callSNP位点信息

实验交流h3351689f 回复了问题 • 1 人关注 • 1 个回复 • 927 次浏览 • 2014-05-19 17:45 • 来自相关话题

求NGS基因组测序数据的分析流程的文章

闲谈灌水wxil 回复了问题 • 5 人关注 • 6 个回复 • 1734 次浏览 • 2014-02-21 09:10 • 来自相关话题

基于全基因组snp数据如何进行主成分分析(PCA)?

实验交流wangwx8 回复了问题 • 11 人关注 • 5 个回复 • 13191 次浏览 • 2014-01-12 17:49 • 来自相关话题

请问有没有将SNP可视化的软件或者网站呢?

研究动态Hadron74 回复了问题 • 4 人关注 • 3 个回复 • 1216 次浏览 • 2013-11-07 11:34 • 来自相关话题

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经过“基因组-health (213256700)”的热情指导,以及我本人的理解,现将如何基于全基因组的SNP数据进行PCA分析流程记录下来,不妥之处欢迎拍砖。

1)全基因组snp数据格式为 .vcf
2)利用vcftools软件进行格式转换:vcftool... 显示全部 »
经过“基因组-health (213256700)”的热情指导,以及我本人的理解,现将如何基于全基因组的SNP数据进行PCA分析流程记录下来,不妥之处欢迎拍砖。

1)全基因组snp数据格式为 .vcf
2)利用vcftools软件进行格式转换:vcftools --vcf tmp.vcf --plink --out tmp
此时会生成两个文件:tmp.ped 和 tmp.map
3)利用plink软件进行数据格式转换:./plink --noweb --file tmp --make-bed --out tmp
注意,输入文件和输出文件都不需要文件名的后缀,此时生成3个文件:tmp.bed,tmp.bim 和 tmp.fam
4)利用gcta软件进行pca构建
4.1 ./gcta --bfile tmp --make-grm --autosome --out tmp
此时生成一个文件:tmp.grm.gz
4.2 ./gcta --grm tmp --pca 3 --out pcatmp
此时生成两个文件:pcatmp.eigenval 和 pcatmp.eigenvec
5)将生成的pcatmp.eigenvec用文本编辑器打开,在最上面加入一行:1 2 pc1 pc2 pc3(之间以空格隔开),保存
6)打开R软件
6.1 输入文件:a <- read.table("D:/pcatmp.eigenvec", header=TRUE)
6.2 绘散点图:plot(a$pc1,a$pc2, pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10), col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10) , main="pca",xlab="pc1",ylab="pc2")
6.3 添加图例: legend("bottomleft", c("CL","IN","GZ","DA","PP","YN","DX","JY","NP","SL"), pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10), col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
文件 > 另存为 > Jpeg or Tiff
That's all, Game over. 再次向基因组-health (213256700)予以致谢!

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实验交流jmagicking 回复了问题 • 3 人关注 • 2 个回复 • 1714 次浏览 • 2015-05-05 19:27 • 来自相关话题

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